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    Cell:复旦大学周峰研究组等合作创建原位染色质互作网络

    摘要 : 2017年8月24日,国际著名学术杂志《Cell》杂志在线发表了美国德克萨斯州西南医学中心的徐剑教授课题组与复旦大学附属中山医院及生物医学研究院(IBS)周峰研究员课题组合作的一篇研究论文

    亚美娱乐app www.yynm360.com 2017年8月24日,国际著名学术杂志《Cell》杂志在线发表了美国德克萨斯州西南医学中心的徐剑教授课题组与复旦大学附属中山医院及生物医学研究院(IBS)周峰研究员课题组合作的一篇研究论文,论文首次利用了“biotinylated dCAS9”的方法建立了高分辨率,位点特异原位DNA-蛋白质以及其他元件的互作网络 。研究成果题为《通过dcas9原位捕捉染色质相互作用网络》(“In Situ capture of chromatin interactions by biotinylated dCAS9”。徐剑教授和周峰研究员为共同通讯作者。

    随着功能基因组学的飞速发展,对调控基因表达的顺式(cis-)和反式(trans-)作用元件进行系统研究成为当前急需填补的领域空白。此前也有利用3D基因组图谱的方法来研究染色质结构的组学技术:染色质免疫沉淀技术CHIA-PET能够鉴定到全基因组范围内的染色质互作水平,最近几年发展起来的Hi-C技术可以在更大范围内捕获包含各种拓补结构在内的与染色体相关的互作关联信息。但遗憾的是,目前为止,这些技术都无法得到与基因位点特异性相关的互作图谱,同时也缺乏反式作用原件(trans-)参与介导的互作图谱信息。

    据介绍,此次研究建立的“CAPTURE方法”可以针对感兴趣的基因位点进行全面的挖掘,在原位发现对DNA的转录起到重要调控作用的蛋白质及其他元件,这种3D互作组学手段有助于科研人员今后就调控元件与疾病和发育的关系作进一步深入研究。

    原文链接:

    In Situ Capture of Chromatin Interactions by Biotinylated dCas9

    原文摘要:

    Cis-regulatory elements (CREs) are commonly recognized by correlative chromatin features, yet the molecular composition of the vast majority of CREs in chromatin remains unknown. Here, we describe a CRISPR affinity purification in situ of regulatory elements (CAPTURE) approach to unbiasedly identify locus-specific chromatin-regulating protein complexes and long-range DNA interactions. Using anin vivo biotinylated nuclease-deficient Cas9 protein and sequence-specific guide RNAs, we show high-resolution and selective isolation of chromatin interactions at a single-copy genomic locus. Purification of human telomeres using CAPTURE identifies known and new telomeric factors. In situ capture of individual constituents of the enhancer cluster controlling human β-globin genes establishes evidence for composition-based hierarchical organization. Furthermore, unbiased analysis of chromatin interactions at disease-associated cis-elements and developmentally regulated super-enhancers reveals spatial features that causally control gene transcription. Thus, comprehensive and unbiased analysis of locus-specific regulatory composition provides mechanistic insight into genome structure and function in development and disease.

    来源: Cell 浏览次数:0

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